Στη λίστα που ακολουθεί μπορείτε να βρείτε τα συγγράμματα του Αγίου Νεκταρίου Πενταπόλεως, με αύξοντα αριθμό, τίτλο, τόπο έκδοσης και χρονολογία έκδοσης (βάση και της οποίας τα έχουμε παραθέσει).
1. Λόγοι εκκλησιαστικοί, Αθήνα, 1884.
2. Δέκα λόγους εκκλησιαστικούς δια την Μεγάλην Τεσσαρακοστήν, Αλεξάνδρεια, 1885.
3. Περί των Ιερών Συνόδων και περί των δύο πρώτων Οικουμενικών Συνόδων, Αλεξάνδρεια, 1888.
4. Λόγος εκφωνηθέντας εν τω Αχιλλοπουλείω Παρθεναγωγείο κατά την Εορτήν των Τριών Ιεραρχών, Αλεξάνδρεια, 1889.
5. Σχεδίασμα περί ανεξιθρησκείας, Αλεξάνδρεια, 1890 (έργο του Ευγενίου Βουλγάρεως με σημειώσεις του Αγίου στο τέλος).
6. Αι Οικουμενικαί Σύνοδοι της του Χριστού Εκκλησίας, Αθήνα, 1892.
7. Τα παρ’ ημίν τελούμενα Ιερά Μνημόσυνα, Αθήνα, 1892.
8. Περί της εν τω κόσμω Αποκαλύψεως του Θεού, Αθήνα, 1892.
9. Υποτύπωσις περί ανθρώπου, Αθήνα, 1893.
10. Φυσική Θεολογία, Αλεξάνδρεια, 1893 (έργο του Νεοφύτου Βάμβα).
11. Χριστιανική Ηθική, Αλεξάνδρεια, 1893 (έργο του Νεοφύτου Βάμβα).
12. Περί των αποτελεσμάτων αληθούς και ψευδούς μορφώσεως, Αθήνα, 1894.
13. Περί επιμελείας ψυχής, Αθήνα, 1894.
14. Ιερών και Φιλοσοφικών Λογίων Θησαύρισμα (Τόμος Α), Αθήνα, 1895.
15. Περί των αιτίων του Σχίσματος, Αθήνα, 1895 (στο περιοδικό «Ιερός Σύνδεσμος»).
16. Ποιμαντικές Ομιλίες, Αθήνα, 1895 (στο περιοδικό «Ιερός Σύνδεσμος»).
17. Ιερών και Φιλοσοφικών Λογίων Θησαύρισμα (Τόμος Β), Αθήνα, 1896.
18. Επικαί και ελεγειακαί γνώμαι μικρών Ελλήνων ποιητών, Αθήνα, 1896.
19. Μάθημα Χριστιανικής Ηθικής, Αθήνα, 1897.
20. Μάθημα Ποιμαντικής, Αθήνα, 1898.
21. Ορθόδοξον Ιεράν Κατήχησιν, Αθήνα, 1899.
22. Χριστολογία, Αθήνα, 1900.
23. Μελέτην περί της αθανασίας της ψυχής και περί των Ιερών Μνημοσυνών, Αθήνα, 1901.
24. Περί της Μητρός του Κυρίου, Αθήνα, 1902 (στο περιοδικό «Αναμόρφωσις»).
25. Περί των αγίων του Θεού, Αθήνα, 1902 (στο περιοδικό «Αναμόρφωσις»).
26. Περί των αγίων εικόνων, Αθήνα, 1902 (στο περιοδικό «Αναμόρφωσις»).
27. Περί της Ιεράς Παραδόσεως, Αθήνα, 1902 (στο περιοδικό «Αναμόρφωσις»).
28. Περί Εκκλησίας, Αθήνα, 1902 (στο περιοδικό «Αναμόρφωσις»).
29. Ευαγγελική Ιστορία δι’ αρμονίας των Ιερών Ευαγγελιστών, Αθήνα, 1903.
30. Κατανυκτικόν Προσευχητάριον, Αθήνα, 1904.
31. Γνώθι σαυτόν, ήτοι μελέται θρησκευτικαί και ηθικαί, Αθήνα, 1904.
32. Μελέτην περί της Μητρός του Κυρίου, της Υπεραγίας Θεοτόκου και Αειπαρθένου Μαρίας, Αθήνα, 1904.
33. Μελέτην περί Μετανοίας και εξομολογήσεως, Αθήνα, 1904.
34. Μελέτην περί του Μυστηρίου της Θείας Ευχαριστίας, Αθήνα, 1904.
35. Μελέτην περί των αγίων του Θεού, Αθήνα, 1904.
36. Θεοτοκάριον μικρόν, Αθήνα, 1905.
37. Πανδέκτης των Θεοπνεύστων Αγίων Γραφών, Αθήνα, 1906.
38. Περί όρκου, Αθήνα, 1906 (στο περιοδικό «Ιερός Σύνδεσμος»).
39. Ιερατικόν Εγκόλπιον, Αθήνα, 1907.
40. Θεοτοκάριον, Αθήνα, 1907.
41.Ψαλτήριον του προφητάνακτος Δαυίδ, εντεταμένον εις μέτρα κατά την τονικήν βάσιν μετά ερμηνευτικών σημειώσεων, Αθήνα, 1908.
42.Τριαδικόν, ήτοι Ωδαί και Ύμνοι προς τον εν Τριάδι Θεόν, Αίγινα, 1909.
43.Κεκραγάριον, Αίγινα, 1910.
44. Μελέτη ιστορική περί των αιτίων του Σχίσματος, της διαιωνίσεως αυτού και περί του δυνατού ή του αδυνάτου της ενώσεως των δύο Εκκλησιών, της Ανατολικής και Δυτικής (Τόμος Α), Αίγινα, 1911.
45. Μελέτη ιστορική περί των αιτίων του Σχίσματος, της διαιωνίσεως αυτού και περί του δυνατού ή του αδυνάτου της ενώσεως των δύο Εκκλησιών, της Ανατολικής και Δυτικής (Τόμος Β), Αίγινα, 1912.
46. Περί της Μιας, Αγίας, Καθολικής και Αποστολικής Εκκλησίας, Αίγινα, 1913.
47. Περί της Ιεράς Παραδόσεως, Αίγινα, 1913.
48. Ιστορικήν μελέτην περί του Τιμίου Σταυρού, Αίγινα, 1914.
49. Προσευχητάριον κατανυκτικόν, Αίγινα, 1914.
50. Μελέτας περί των Θείων Μυστηρίων, Αίγινα, 1915.
51. Περί Εκκλησίας, 1920 (εκδόθηκε από την Ριζάρειο).
52. Χριστιανικήν Ηθικής της Ορθοδόξου Ανατολικής Εκκλησίας, 1955 (εκδόθηκε από τον Αρχιμανδρίτη Τίτο Ματθαιάκη).
53. Περί Μεσαίωνος και του Βυζαντινού Ελληνισμού (Εκδόσεις Πελασγός, 1994).
Ακολουθεί λίστα με συγγράμματα του Αγίου Νεκταρίου Πενταπόλεως, για τα οποία αν και γνωρίζουμε την ύπαρξη τους, δεν γνωρίζουμε αν εκδόθηκαν ποτέ.
1. Μελέτη περί των αγίων λειψάνων.
2. Περί κήρου μελίσσης και ελαίου ως προσφοράς και περί θυμιάματος.
3. Περί της αφιερώσεως των Θεώ οσίων παρθένων και περί μονών και μοναχικού βίου.
4. Εορτολόγια της Ορθοδόξου Ανατολικής Εκκλησίας (2 τόμοι).
5. Νέον Τριαδικόν.
6. Περί Ελληνισμού.
7. Νέον Πασχάλιον αιώνιον.
8. Ερμηνεία των Πράξεων των Αποστόλων.
9. Περί της εν πνεύματι και αλήθεια λατρείας.
10. Ιερά Λειτουργική.
11. Κεφάλαια πέντε περί των λειτουργικών βιβλίων.
12. Η Θεία Λειτουργία του Αγίου και ενδόξου Αποστόλου και Ευαγγελιστού Μάρκου.
13. Ιστορίας Εκκλησιαστικής μυστική θεωρία.
14. Εγκυκλοπαιδεία της φιλοσοφίας.
15. Χρηστομάθεια.