Όταν ο Άγιος Νεκτάριος βρισκόταν σε σχετικά νεαρή ηλικία έκανε ένα ταξίδι, κατά πάσα πιθανότητα στους Αγίους Τόπους. Κάποια στιγμή, και ενώ βρισκόταν πάνω στο πλοίο, έσκυψε πάνω από την κουπαστή. Τότε κόπηκε η αλυσίδα που είχε περασμένο ένα σταυρό και ο σταυρός έπεσε στην θάλασσα.
Ο Άγιος λυπήθηκε πολύ και άρχισε να προσεύχεται. Ο σταυρός αυτός, αν και ξύλινος, ήταν πολύτιμος για τον Άγιο, αφού του τον είχε δώσει η γιαγιά του, όταν έφυγε από την Σηλυβρία για να πάει στην Κωνσταντινούπολη, σε ηλικία 14 ετών.
Καθώς, λοιπόν, προσευχόταν ο Άγιος, άρχισαν να ακούγονται παράξενοι χτύποι στα ύφαλα του πλοίου. Αν και το πλήρωμα ανησύχησε και έψαξε να βρει από που προέρχονταν αυτοί οι χτύποι, μην βρίσκοντας κάτι, το ταξίδι συνεχίστηκε.
Όταν το πλοίο έφτασε στον προορισμό του, οι χτύποι ξανάρχισαν. Τότε οι ναύτες με μια βάρκα πήγαν να εξετάσουν το πλοίο από την εξωτερική πλευρά αυτή την φορά. Οι χτύποι προέρχονταν από το σημείο που ο ξύλινος σταυρός του Αγίου είχε κολλήσει στα ύφαλα!!!